On peut l’entendre régulièrement dans le cadre des saisons de diverses formations prestigieuses et lors d’importants festivals; il a collaboré en tant que soliste avec des chefs de premier plan, dont Abbado, Antonini, Barenboim, Boulez, Fischer, Guerguiev, Gardiner, Harding, Järvi, Maazel, Nézet-Séguin, Orozco-Estrada, Perlman, Pinnock, Rattle, Rostropovich et Zinman.
Passionné de musique de chambre, M. Pahud joue en récital avec les pianistes Éric Le Sage, Alessio Bax, Yefim Bronfman, Hélène Grimaud, Stephen Kovacevich ainsi qu’avec le pianiste de jazz Jacky Terrasson. En 1993, il a fondé, avec Éric Le Sage et Paul Meyer, le Festival international de musique de chambre de Salon-de-Provence, toujours aussi renommé. Il est également membre du réputé quintette à vents Les Vents Français, avec François Leleux, Paul Meyer, Gilbert Audin et Radovan Vlatkovic.
Soucieux d’accroître le répertoire de la flûte, M. Pahud passe chaque année commande d’œuvres nouvelles à des compositeurs comme Elliott Carter, Marc-André Dalbavie, Thierry Escaich, Toshio Hosokawa, Michaël Jarrell, Philippe Manoury, Matthias Pintscher, Christian Rivet, Éric Montalbetti et Luca Francesconi. Depuis son tout premier en 1996, Il a enregistré quelques 40 disques, en exclusivité pour la maison EMI / Warner Classics. Formant une remarquable contribution au répertoire de la flûte sur disque, tous ont reçu les éloges de la critique et plusieurs ont été honorés de nombreux prix.
Emmanuel Pahud a été fait chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres, et il est membre honoraire de la Royal Academy of Music. Il agit également à titre d’ambassadeur de l’Unicef.